امت کو جو مسائل درپیش ہوں،ان کے بارے میں رہنمائی علماء کا فریضہ ہے ،اسی فریضہ کی ادائیگی کے لئے مدارس میں شعبہ افتاء قائم کئے جاتے ہیں،معہد میں بھی شروع ہی سے افتاء کا شعبہ قائم ہے،اور کاروباری وسماجی مسائل ،نیز مختلف شعبہ ہائے زندگی سے متعلق نئے مسائل عام طور پر لوگ معہد کے دارالافتاء سے رجوع کرتے ہیں ،پانچ سال کے عرصہ میں تین ہزار سے زیادہ فتاوی یہاں سے جاری ہوچکے ہیں،معہد میں افتا ء کا کام حضرت مولانا خالد سیف اللہ رحمانی کے علاوہ مختلف اساتذہ ،مفتی شاہد علی قاسمی ،مفتی اشرف علی قاسمی اور مفتی مصطفی عبدا لقدوس ندوی انجام دیتے ہیں،اور مولانا مفتی شاہد علی قاسمی اس شعبہ کے ذمہ دار ہیں۔

نوٹ:۔معہد کے تازہ اور اہم فتاوی اس ویب سائٹ کے عنوان کے تحت دیکھے جاسکتے ہیں۔